تأسس القسم مع تأسيس جامعة الفراهيدي بتاريخ 26\5\2013، ويتولى إدارة القسم رئيس بدرجة مدير وبشهادة جامعية في التخصص، ويقوم رئيس القسم بواجباته استناداً للتعليمات والقوانين والأنظمة، ويرتبط القسم بمكتب السيد رئيس جامعة الفراهيدي مباشرةً.
يسعى قسم الرقابة والتدقيق الداخلي الى تلبية متطلبات الجامعة، ومراعاة الدقة والشفافية في تطبيق القوانين والتعليمات والانظمة النافذة وتبسيط الاجراءات لضمان نجاح جميع الاجراءات القانونية والادارية والمالية في الجامعة وفق برامج دقيقة ومتقنة لأجل تطويرها وتوثيقها وتوفير بيئة ملائمة للتطبيق.
العمل على تحليل دراسة البيانات المالية وتحويلها إلى نمط معلوماتي ينتفع منه في تحديد الصعوبات وتقييم الاحتياجات، وضمن الخطة المالية السنوية عبر إعداد الموازنات المتعلقة بالإيرادات والمصاريف والضرائب لتحديد أفضل استثمار لرؤوس الأموال والموارد البشرية، وضمن الاستراتيجية العامة للجامعة في اختيار أفضل السبل والوسائل المتاحة لتنفيذ النشاطات والمهام.
تهدف الرقابة بالدرجة الأساس إلى خدمة الإدارة في تحقيق أهدافها، وذلك من خلال عمل الرقابة الداخلية حيث تتم مراجعة جميع العمليات الادارية والمالية لغرض مساعدة الإدارة العليا في التوصل إلى أقصى كفاءة إدارية، والمساعدة في عملية اتخاذ القرار. ولتحقيق ذلك يتم التأكد مما يلي: 1. التحقق من تنفيذ الخطط الموضوعة والسياسات الإدارية من قبل الإدارة العليا، وتقييم نسبة تنفيذها وإبداء الرأي حيالها، وتحليل الانحرافات عن هذه الخطط، وتقديم الاقتراحات لتجنب الانحرافات مستقبلاً وسد الثغرات التي تؤدى إلى ضياع المال العام، وهنا يقوم المسؤولون عن الرقابة الداخلية بكتابة تقارير دورية عن تقييمهم للخطط المنفذة. 2. التأكد من أن المعلومات المعروضة على الإدارة دقيقة وكافية وأنها من واقع مستندات صحيحة وسليمة وهذا يتطلب فحص جميع العمليات التي يتخللها قبض للنقود والعمليات التي يتخللها صرف للنقود، وقيام الرقابة الداخلية بهذه المهام يؤدى في النهاية منع الغش والتزوير والتلاعب واكتشاف الأخطاء وهذا يؤدى إلى تعزيز الثقة في الدفاتر والسجلات، وكذلك في البيانات والمعلومات. 3. التحقق من وجود حماية كافية لأصول الجامعة ضد الفقدان والسرقة. 4. الحكم على إمكانية الاعتماد على البيانات المحاسبية والإحصائية واتخاذها كأساس للقرارات الإدارية الناجحة. 5. تقييم عمل الأفراد ومدى قدرتهم على تحمل المسؤولية. 6. تقييم كفاءة استخدام الموارد والأصول من الناحية الاقتصادية. 7. التحقق من أن المصروفات لا تنفق إلا في الأغراض الهامة والتأكد من تحصيل الإيرادات.