تعد الاقسام الداخلية في جامعة الفراهيدي المبيت الثاني لطلبة الجامعة الاعزاء لاسيما طلبة المحافظات والطلبة الدارسين من دول خارج العراق، وهذا يتطلب توفير الاجواء السكنية والمعيشية الجيدة والملائمة لهم.
يسعى قسم شؤون الاقسام الداخلية / جامعة الفراهيدي ليكون من الأقسام الداخلية المتقدمة في العراق، إذ أن الأقسام عازمة على جعل مجمعات الاقسام الداخلية التابعة لها نموذج يقتدى به من قبل الجامعات الاخرى.
الرسالة الأساسية لقسم شؤون الاقسام الداخلية هو استقبال طلبة المحافظات المقبولين في كليات جامعة الفراهيدي من الدراسات الأولية والعليا، وتقوم بتوفير السكن اللائق لهم مع توفير المستلزمات، وكافة الخدمات الضرورية لراحتهم ورعايتهم كي يصبحوا كادراً متميزاً قادراً على الابداع والابتكار في العلم، والمعرفة خدمة للبلاد.
1. تعمل هذه الأقسام من اجل رعاية طلبتها من خلال توفير الجو العلمي والنفسي المناسب لهم. 2. تهيئة الكوادر الادارية اللازمة لإدارتها. 3. تقوم بمخاطبة الجهات الحكومية والاهلية لدعم هذه المديرية وكذلك للمديرية علاقات بمؤسسات المجتمع المدني هدفها الحصول على الدعم المادي والمعنوي من هذه المؤسسات الى الطلبة الساكنين في هذه الأقسام.