يُشكل مكتب التصاريح الأمنية في رئاسة جامعة الفراهيدي جزء مهم من الهيكل التنظيمي للجامعة، ويرتبط مباشرة بمكتب السيد رئيس الجامعة المحترم، ولعل أبرز مهام وصلاحيات عمل المكتب تتمحور في الآتي: 1. منح التصريح الأمني لكل العاملين في الوزارة والشركات والمنظمات والمؤسسات المتعاقدة مع الوزارة. 2. العمل على تنظيم الجانب الأمني في جميع مفاصل الوزارة بما تقتضيه المصلحة العليا. 3. إعداد المحاضرات والمؤتمرات والندوات التي تتمحور حول تأهيل كوادر حماية الجامعة. 4. احتواء أي خرق أمني من شأنه أن يعرقل المسيرة العلمية بجامعتنا عبر اتخاذ الوسائل الكفيلة بذلك. 5. السعي لمحاربة كافة أنواع الإشاعات التي تهدف إلى شق صف المجتمع العراقي. 6. الإشراف على عمل قسم المتابعة وتنظيم عمل توزيع أفراده في جميع مفاصل الجامعة بما فيها الإشراف على امن مديرية الأقسام الداخلية. 7. إضافة إلى مهام وصلاحيات أخرى تضمنتها كتب وزارة التعليم العالي والبحث العلمي وجميعها تتعلق بالجانب الأمني.